基础医学与医学技术系包含人体解剖与组织胚胎学、细胞生物学与生物化学、生理学与机能学、免疫学与病原生物学、病理学与病理生理学5个学科群。目前设有医学检验技术本科专业和基础医学一级学科硕士点。本系建有省级基础医学实验教学示范中心、扬州大学基础医学研究所、扬州大学医学院RNA研究中心，扬州大学医学院电生理研究室、扬州大学医学院神经解剖研究室。基础医学为“十二五”扬州大学一级学科重点学科，人体生理学课程为江苏省全英文授课精品课程，免疫学、组织胚胎学等课程为校级全英文授课精品课程，免疫与微生物学和人体解剖学为省级成教精品课程，生物化学为校级成教精品课程。

   基础医学与医学技术系共有教授11人（占全系教师系列的28%），其中1人为江苏省特聘教授；副教授21人（占全系教师系列的49%）；有博士学位教师22人（占全系教师系列的49%）。近几年获国家级和省级科研项目30多项，科研经费达1000多万元。